Alınan su numuneleri, 1,5 - 2 litrelik cam şişe veya plastikten (polietilen) yapılmış numune kaplarına konur. Numune kaplarının çok temiz olmasına dikkat edilir. Numune alınacak şişe, alınacak su ile 4 - 5 defa yıkanır, su şişenin ağzına kadar doldurulur ve ağzı sıkıca kapatılır. Şişenin üzerine etiket yapıştırılır. Bu etiketlerin üzerine numuneyi alanın adı, numunenin alındığı yer ve tarih ile numune numarası yazılır. Alınan su numunesi gün içerisinde laboratuvara ulaştırılamıyorsa buzdolabında saklanır.